組織原位雜交(Tissue in situ hybridization）,即原位雜交組織化學技術和原位雜交細胞化學技術
原位雜交技術的基本原理
利用核酸分子單鏈之間有互補的堿基順序，通過堿基對之間非共價鍵的形成，出現穩定的雙鏈區，形成雜交的雙鏈。
1.兩條核苷酸單鏈片段，在適宜的條件下，通過氫鍵結合，形成DNA-DNA、DNA一RNA或RNA一RNA雙鍵分子
2.應用帶有標記的（有性同位素，如3H、35S、32P，熒光素、生物素、等非性物質)DNA或RNA片段作為核酸探針,與組織切片或細胞內待測核酸(RNA或DNA）片段進行雜交
3.用自顯影等方法予以顯示，在光鏡或電鏡下觀察目的mRNA或DNA的存在與定位
用原位雜交術，可在原位研究細胞合成某種多肽或蛋白質的基因表達。
此方法有很高的敏感性和特異性，可進一步從分子水來探討細胞的功能表達及其調節機制。已成為當今細胞生物學、分子生物學研究的重要手段。
熒光原位雜交（Fluorescence In Situ Hybridization，FISH）是在性原位雜交技術基礎上發展起來的一種非性分子生物學和細胞遺傳學結合的新技術，是以熒光標記取代同位素標記而形成的一種新的原位雜交方法。
FISH技術具有許多優點，如非性、高特異性、高靈敏度、快速簡便、可多重染色等。這些特點使得FISH技術在細胞生物學和臨床醫學領域得到了廣泛應用，例如用于研究基因表達、基因組變異和染色體異常等。
植物原位雜交在遺傳育種方面的應用主要包括：
異源染色質及多種染色體畸變檢測：通過遠緣雜交把有用遺傳物質基因的異源染色質漸滲到植物中。如帶有幾種抗病基因的黑麥1R染色體已被整合到許多高產的小麥品種中。原位雜交技術則是鑒定外源染色體(質)的有效手段。
基因組印記研究：基因組印記是指一個基因的兩條染色體上的DNA序列存在差異。通過植物原位雜交技術，可以檢測到基因組印記的存在和分布，從而幫助確定基因組的進化、遺傳和功能特征。
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