以菌落原位雜交為例：對分散在若干個瓊脂平板上的少數菌落（100-200）進行篩選時，可采用該方法。將這些菌落歸并到一個瓊脂主平板以及已置于第二個瓊脂平板表面的一張纖維素濾膜上。經培養一段時間后，對菌落進行原位裂解。主平板應貯存于4℃直至得到篩選結果。
將少數菌落轉移到纖維素濾膜上
（1） 在含有選擇性的瓊脂平板上放一張纖維素濾膜。
（2） 用無菌牙簽將各個菌落先轉移至濾膜上，再轉移至含有選擇性但未放濾膜的瓊脂主平板上。應按一定的格子進行劃線接種（或打點）。每菌落應分別劃線于兩個平板的相同位置上。后，在濾膜和主平板上同時劃一個含有非重組質粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培養至劃線的細菌菌落生長到0.5-1.0mm的寬度。
（4） 用已裝防水黑色繪圖墨水的針頭穿透濾膜直至瓊脂，在3個以上的不對稱位置作標記。在主平板大致相同的位置上也作上標記。
（5） 用Parafilm膜封好主平板，倒置貯放于4℃，直至獲得雜交反應的結果。
（6） 裂解細菌，按本段下面所述方法，使釋放的DNA結合于纖維素濾膜。
原位雜交技術的應用領域
原位雜交技術在醫學、農業和工業等領域都有廣泛的應用。在醫學方面，原位雜交技術可用于檢測癌細胞、病毒和細菌等致病微生物，幫助醫生制定的診斷和方案。在農業方面，原位雜交技術可用于基因定位、品種鑒定和遺傳育種等領域，提高農作物的產量和品質。在工業方面，原位雜交技術可用于檢測基因工程產品中的外源DNA，保證產品的安全性和穩定性。
植物原位雜交在遺傳育種方面的應用主要包括：
異源染色質及多種染色體畸變檢測：通過遠緣雜交把有用遺傳物質基因的異源染色質漸滲到植物中。如帶有幾種抗病基因的黑麥1R染色體已被整合到許多高產的小麥品種中。原位雜交技術則是鑒定外源染色體(質)的有效手段。
基因組印記研究：基因組印記是指一個基因的兩條染色體上的DNA序列存在差異。通過植物原位雜交技術，可以檢測到基因組印記的存在和分布，從而幫助確定基因組的進化、遺傳和功能特征。
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