將32 P標記的雙鏈DNA探針于100℃加熱5分鐘，迅速置于冰浴中。單鏈探針不必變性。將探針加到雜交袋中雜交過夜。雜交期間，盛濾膜的容器應蓋嚴，以防液體蒸發。
雜交結束后，去除雜交液，立即于室溫把濾膜放入大體積（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，輕輕振搖5分鐘，并將濾膜至少翻轉一次。重復洗 一次，同時應避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜兩次，每次1-1.5小時。此時已可進行自顯影。如背景很高或實驗要求嚴格的洗膜條件，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃將濾膜浸泡60分鐘。
原位雜交技術在其他生物領域也有廣泛的應用，例如：
植物學研究：在植物學研究中，原位雜交技術可以用于檢測和定位特定基因的表達，研究基因組結構和進化。此外，還可以應用于植物染色體組型分析、基因組印記研究等方面。
微生物學研究：在微生物學領域，原位雜交技術可以用于研究細菌、病毒等微生物的基因表達和定位，以及它們在環境中的分布和相互作用。例如，通過標記特異性探針，可以檢測腸道微生物群落中的特定，研究其在人體健康和疾病發生中的作用。
熒光原位雜交（FISH）技術具有以下優點：
高特異性：熒光探針的合成是定向的，保證了雜交過程的特異性，可以有效地降低非特異性雜交和背景干擾。
高靈敏度：熒光信號的檢測比性信號的檢測更靈敏，可以檢測出低拷貝數的DNA序列，甚至可以檢測單個基因序列。
快速簡便：FISH技術操作簡便，雜交過程可以在數小時或數天內完成，而且不需要過于復雜的設備，便于在實驗室開展。
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