為什么有的基因定位結果與預想的不一致？
對于一個特定的定位載體，只要熒光表達較好，其定位結果是確定的，不會隨人為意愿或操作而改變。至于有時候和預想的結果不一樣，可能和蛋白本身、選擇的表達載體以及熒光蛋白融合方式等有關。
為什么有的普通定位結果出來后無法準確判斷其定位位置？
細胞中的細胞器復雜且多樣，除一些常見的、特征比較明顯的細胞器外，有些細胞器在激光共聚焦下形狀比較相似，例如：線粒體、過氧化物酶體、高爾基體等細胞器，它們的熒光表達形狀可能都是點狀，因此不易區分。這時可以結合基因的其他功能研究來判斷其可能表達的位置。另外，蛋白表達本身也是一個復雜的過程，涉及到多個合成場所及轉運過程，自身表達情況可能比較復雜，因此不易判斷具體的表達位置。
除了洋蔥亞細胞定位，還有許多其他亞細胞定位方法。其中，比較常見的有：
熒光法：將學方法與熒光標記技術結合起來研究特異蛋白抗原在細胞內分布的方法。由于熒光素所發的熒光可在熒光顯微鏡下檢出,從而可對抗原進行細胞定位。用熒光技術顯示和檢查細胞或組織內抗原或半抗原物質等也稱為熒光細胞(或組織)化學技術。
GFP融合蛋白表達法：將目的蛋白與綠色熒光蛋白(GFP)融合，通過熒光顯微鏡觀察綠色熒光蛋白的表達位置。
亞細胞結構分離定位法。
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