將32 P標記的雙鏈DNA探針于100℃加熱5分鐘，迅速置于冰浴中。單鏈探針不必變性。將探針加到雜交袋中雜交過夜。雜交期間，盛濾膜的容器應蓋嚴，以防液體蒸發。
雜交結束后，去除雜交液，立即于室溫把濾膜放入大體積（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，輕輕振搖5分鐘，并將濾膜至少翻轉一次。重復洗 一次，同時應避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜兩次，每次1-1.5小時。此時已可進行自顯影。如背景很高或實驗要求嚴格的洗膜條件，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃將濾膜浸泡60分鐘。
原位雜交雜交液
（一）雜交液內除含一定濃度的標記探針外，還含有較高濃度的鹽類、甲酰胺、硫酸葡聚糖、牛白蛋白及載體DNA或RNA等。
（二）雜交液中含有較高濃度的Na+可使雜交率增加，可以減低探針與組織標本之間的靜電結合。
（三）賈酰胺可使雜交溫度降低，所以雜交液中加入適量的甲酰胺，可避免因雜交溫度過高而引起的組織形態結構的破壞以及標本的脫落。
（四）硫酸葡聚糖能與水結合，從而減少雜交液的有效容積，提高探針有效濃度，以達到提高雜交率的目的。
原位雜交技術可以應用于以下場景：
組織中病毒DNA/RNA的檢測和定位。例如，可以用于檢測EB病毒mRNA、人類狀瘤病毒和巨細胞病毒DNA等。
癌基因、抑癌基因及其他各種功能基因在轉錄水平的表達及其變化的檢測。
檢測染色體的變化，如染色體數量異常和染色體易位等。
在植物基因組研究中的應用。例如，通過與特定基因序列的探針進行雜交，可以在植物染色體上定位到目標基因的位置，進而構建遺傳圖譜，為植物育種和基因組研究提供基礎數據。
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