植物原位雜交的應用包括：
研究基因表達：通過觀察熒光信號的位置和數量，可以確定目標基因在植物組織中的表達模式和位置。
染色體定位：將目標基因與染色體中的特定位置進行比較，可以確定目標基因在染色體中的位置和分布。
基因：通過原位雜交技術，可以確定目標基因的序列和位置，為基因提供重要的參考信息。
檢測物種或品種特異性：通過原位雜交技術可以檢測出不同物種或品種之間基因表達的差異，從而為物種或品種特異性研究提供依據。
遺傳育種：通過原位雜交技術可以檢測出不同品種之間基因表達的差異，從而為遺傳育種提供重要的參考信息。
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