把濾膜放在紙巾上于室溫晾干后，把濾膜（編號面朝上）放在一張保鮮膜上，并在保鮮膜上作幾個不對稱的標記，以使濾膜與性自顯影片位置對應。
用第二張保鮮膜蓋住濾膜。加光片并加上增感屏于-70℃曝光12-16小時。
底片顯影后，在底片上貼一張透明硬紙片。在紙上標記陽性雜交信號的位置，同時在不對稱分布點的位置上作出標記。可從底片上取下透明紙，通過對比紙上的點與瓊脂上的點來鑒定陽性菌落。
植物原位雜交除了在遺傳育種方面的應用，還在其他領域有著廣泛的應用，包括：
植物基因研究：植物基因是一種利用基因工程技術來人類遺傳疾病的方法。通過植物原位雜交技術，可以將人類基因導入到植物細胞中，并在植物細胞中表達出相應的蛋白質，為基因提供重要的物質基礎。
植物抗性研究：植物原位雜交技術可以用于研究植物對環境脅迫的抗性機制，例如抗旱、抗鹽、抗病等，有助于了解植物在環境脅迫下的生理和分子響應機制。
植物比較研究：通過植物原位雜交技術可以比較不同植物之間基因表達模式的差異，從而為植物分類和進化研究提供重要的參考依據。
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