原位雜交技術（in situhybridization）是以標記的核酸分子為探針，在組織細胞原位檢測特異核酸分子的技術。使含有特異序列、經過標記的核酸單鏈即探針，在適宜條件下與組織細胞中的互補核酸單鏈即靶核酸發生雜交，再以自顯影或細胞化學方法對標記探針進行探測，從而在細胞原位顯示特異的DNA或RNA分子。
可以檢測cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各種種屬的標本，包括哺乳動物、爬行動物、菌、植物標本。也可以檢測組織芯片。
植物組織原位雜交的步驟包括以下幾個方面：
1. 制備組織樣品：從植物中取出需要研究的組織樣品，如根、莖、葉等。
2. 固定組織樣品：將組織樣品固定在載玻片上，通常使用或乙醇等化學物質進行固定。
3. 處理組織樣品：對固定的組織樣品進行脫水、透明化、脫脂等處理，以便于DNA探針的穿透和結合。
4. 制備DNA探針：根據需要研究的基因序列，設計并合成DNA探針。DNA探針可以標記熒光染料或性同位素，以便于檢測。
5. 雜交DNA探針：將DNA探針與組織樣品進行雜交，通常需要在高溫下進行，以便于DNA探針與RNA或DNA結合。
6. 檢測雜交信號：通過熒光顯微鏡或計數器等設備，檢測DNA探針與RNA或DNA的結合情況，確定目標基因的表達模式和位置。
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